Trujillo fungió como representante de Colombia ante la Unión Europea desde 2006 hasta 2011, es decir, estuvo un año trabajando junto al expresidente Juan Manuel Santos en esa posición diplomática, hasta la renuncia de Trujillo.
A partir de allí, tras el distanciamiento de Santos con el uribismo, Carlos Holmes Trujillo también marcó distancia con el exmandatario, al punto que fueron contendores en las elecciones presidenciales de 2014.
Santos en ese momento aspiraba a la reelección, mientras que Trujillo era la fórmula vicepresidencial de Óscar Iván Zuluaga. La candidatura uribista ganó la primera vuelta con 3,7 millones de votos (sacándole 400 mil votos a Juan Manuel Santos), pero perdió la segunda por 900 mil votos.
Tras el fallecimiento del líder político, Juan Manuel Santos le envió sus condolencias: "Lamento mucho la muerte de Carlos Holmes Trujillo. Fue amigo, trabajamos juntos y a pesar de nuestras diferencias últimamente, fue siempre un gran señor y un gran servidor público. Mis sinceras condolencias a toda su familia".
Lamento mucho la muerte de Carlos Holmes Trujillo. Fue amigo, trabajamos juntos y a pesar de nuestras diferencias últimamente, fue siempre un gran señor y un gran servidor público. Mis sinceras condolencias a toda su familia.
