Estaba hospitalizado desde hace varias semanas debido a graves problemas de salud. A mediados de 2015 sufrió un accidente cerebrovascular y en diciembre de 2016 un infarto de miocardio, debido al cual fue internado en el Hospital Central de las Fuerzas Armadas de Montevideo, donde falleció.
Hijo y nieto de generales, el dictador fallecido ingresó en la Academia Militar Nacional en 1940, en la que se graduó como oficial del Regimiento de Caballería (1946-1959). Tras haber perdido gran parte del apoyo de las Fuerzas Armadas para continuar con el régimen dictatorial, accedió a negociar un cronograma electoral que finalizó con las elecciones legislativas y presidenciales de noviembre de 1984 que ganó Julio María Sanguinetti, del Partido Colorado.
Álvarez se encontraba entre los 14 uruguayos que estaban siendo juzgados por la Fiscalía de Roma, desde 2015, por su participación en el conocido como "Proceso Cóndor", que juzga la muerte y desaparición de italianos en el marco del plan homónimo en Latinoamérica en las décadas de 1970 y 1980.
Por estos hechos, la Fiscalía romana pidió cadena perpetua a un total de 27 personas, dos son de nacionalidad boliviana, siete chilenos, cuatro peruanos y catorce uruguayos. Además de Álvarez, el resto de los imputados uruguayos eran José Ricardo Arab Fernández, Juan Carlos Blanco, "Nino" Gavazzo Pereira y Juan Carlos Larcebeay Aguirregaray, Pedro Antonio Mato Narbondo y Luis Alfredo Maurente Mata.
También Ricardo José Medina Blanco, Ernesto Avelino Ramas Pereira, José Sande Lima, Jorge Alberto Silveira Quesada, Ernesto Soca, Gilberto Vázquez Bissio y Jorge Néstor Troccoli Fernández.
El Tribunal de Roma celebra este proceso en primera instancia desde el 12 de febrero de 2015 y el caso fue abierto tras más de diez años de investigación del fiscal italiano Giancarlo Capaldo. La Operación Cóndor fue un plan ideado por el general chileno Augusto Pinochet y que coordinó la represión de la oposición política en las décadas de 1970 y 1980 por parte, sobre todo, de los regímenes dictatoriales de Chile, Argentina, Brasil, Paraguay, Uruguay y Bolivia.
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