En el 2009, el entonces presidente Álvaro Uribe lanzó el programa Agro Ingreso Seguros (AIS). En aquel año, la revista ' Cambio' denunció que el programa había entregado millonarios subsidios a narcotraficantes, sin embargo, el entonces ministro de Agricultura Andrés Felipe Arias pidió que se mantuviera el programa.

Durante la segunda semana de noviembre del 2009, el Congreso citó al Ministro de Agricultura para realizarle una moción de censura, la cual finalmente no prosperó.

El 12 de octubre del 2010, la Procuraduría General de la Nación formuló pliego de cargos contra Andrés Felipe Arias y contra el exministro Andrés Fernández, por "haber incurrido en falta gravísima al no haber adoptado medidas para evitar que esos dineros públicos fueran entregados a personas que, en realidad, no correspondía".

El 19 de julio de 2011, la Procuraduría encontró culpable a Arias, destituyéndolo e inhabilitándolo por 16 años para ejercer cargos públicos.

En octubre del 2011,  el Tribunal Superior de Bogotá cobijó a Arias con medida se aseguramiento y fue recluido en el Cantón Norte del Ejército.

El 14 de junio del 2013,  el Tribunal Superior de Bogotá concedió la libertad al exministro después de estar dos años recluido en el Cantón Norte. Para el Tribunal, Arias no representaba un peligro para la sociedad. 

El 3 de julio de 2014, la Corte Suprema de Justicia lo halló culpable por los delitos de celebración de contratos sin cumplimiento de requisitos legales y peculado a favor de terceros. El 11 de ese mes, se confirmó que Andrés Felipe Arias y su familia habían salido de Colombia hacia Estados Unidos. El 17 de julio, la Corte lo condenó a 17 años y 4 meses de prisión.

El 4 de mayo del 2015, Estados Unidos le concedió temporalmente la condición de asilo (En la foto, Catalina Serrano, esposa de Arias).

El 24 de agosto del 2016, un juez decidió atender la solicitud de extradición del gobierno de Colombia y capturar a Arias.

El 17 de noviembre del 2016, le conceden el beneficio de libertad bajo fianza, con restricciones de movilidad y previo pago de una caución por 10.000 dólares.

El 28 de septiembre del 2017, por considerar que existía un “serio riesgo de fuga” y tras recordar que “ya se había fugado de Colombia”, el juez de la Corte de Miami, John O’Sullivan, ordenó enviarlo a prisión y declaró “viable” su extradición hacia Colombia. La defensa interpuso una apelación contra la decisión. Sobre el papel, este tipo de recursos deben resolverse en máximo 30 días, pero pueden tardar meses.