Botero renunció y la Fiscalía asumió la investigación y le dictó orden de captura, que se hizo efectiva el 15 de agosto de 1995.
Estos son los momentos más importantes de Botero dentro del Proceso 8.000: El 30 de julio, en extensa entrevista con EL TIEMPO, Botero advirtió que cualquier filtración de dineros del narcotráfico en la campaña presidencial se hizo a sus espaldas y que el presidente Ernesto Samper y los directivos de la campaña fueron claros y categóricos frente a la necesidad de investigar y rechazar todo tipo de aportes de dudosa procedencia.
Un día después, en rueda de prensa, los ministros de la Defensa, Fernando Botero, y del Interior, Horacio Serpa, dieron a conocer una copia de la indagatoria que rindió ante la Fiscalía el tesorero de la campaña de Ernesto Samper, Santiago Medina, el 28 de julio. Al interrogárseles sobre cómo llegó a sus manos la indagatoria, que había sido robada de las oficinas de la Fiscalía la noche anterior, afirmaron que fue un anónimo. Los dos ministros dijeron que asumían plenamente la responsabilidad frente a eventuales irregularidades cometidas durante la campaña presidencial. Según los ministros, las declaraciones de Medina prenden el ventilador con el único propósito de enlodar al Presidente de la República .
El primero de agosto, la comisión de fiscales sin rostro solicitó a la Fiscalía Delegada ante la Corte Suprema de Justicia que iniciara una indagación preliminar contra el entonces ministro de la Defensa, Fernando Botero. Botero debía esclarecer las imputaciones según las cuales él comisionó en dos oportunidades al entonces tesorero Medina para reunirse con los hermanos Miguel y Gilberto Rodríguez Orejuela y solicitarles cerca de 4.800 millones de pesos para la financiación de la campaña.
Al día siguiente Botero renunció y dijo que lo hacía para hacer frente a las acusaciones de Santiago Medina.
El 15 de agosto la comisión de fiscales le dictó orden de captura y ese mismo día fue detenido y vinculado al Proceso 8.000. Desde entonces permanece recluido en la Escuela de Caballería, al norte de Bogotá.
Entre el 15 y el 16 de agosto Botero rindió 20 horas de indagatoria.
El 28 de agosto la comisión de fiscales sin rostro le dictó medida de aseguramiento sin beneficio de excarcelación, como presunto responsable de enriquecimiento ilícito en favor de terceros y falsedad en documento privado.
El 31 de agosto el Comité Etico del Partido Liberal suspendió temporalmente de esa colectividad a Botero.
El 11 de septiembre Botero aceptó ante los fiscales sin rostro haber recibido y administrado en una cuenta suya abierta en un banco de Nueva York, aportes para la campaña. Dinero que según él mismo convirtió en bonos y trasladó al banco de Colombia de Panamá para girar cheques de gerencia de entre 50 y 80 millones de pesos, a nombre de ciertas personas que luego los endosaban con destino a la campaña.
El 13 de septiembre, respondió un intenso interrogatorio sobre la presencia de dineros calientes en la campaña presidencial. Botero habló ante el representante investigador Heyne Mogollón Montoya en calidad de testigo, dentro de la indagación preliminar que adelantaba la Comisión de Acusación de la Cámara de Representantes contra Samper.
El 20 de septiembre el banco estadounidense Chase Manhattan Bank afirmó que no encontró ninguna cuenta de Botero en su oficina de Nueva York. La existencia de la supuesta cuenta, fue denunciada por Medina Serna, durante su indagatoria.
El 25 de noviembre, argumentando la privacidad financiera, Botero elevó una queja que buscaba bloquear el acceso del Gobierno de los Estados Unidos y, por esa vía, el de la justicia colombiana, a los dineros que movió a través de cuentas en bancos estadounidenses y que, según su indagatoria ante la Fiscalía, incluyen un millón de dólares, destinados a la campaña presidencial.
El 10 de diciembre, Botero recibió la visita del presidente Ernesto Samper.
El 22 de enero de 1996, después de 157 días de lealtad con Samper, Botero no aguantó más y decidió revelar la verdad.
