Fue en octubre de 1992 cuando le llegaron las primeras amenazas. Villa Salcedo comentó a sus amigos que si algo le ocurría era por sus denuncias contra un negociante y político samario cuya identidad se mantiene en reserva pues no fue procesado. De todas maneras, EL TIEMPO quiso hablar con él pero no fue posible que respondiera las llamadas.
A plena luz del 23 de diciembre de 1992, un pistolero se acercó hasta la ventanilla de la camioneta de Villa y lo asesinó.
Un mes después fue retenido Jaime Fernández Vargas, señalado como el conductor del vehículo usado en el crimen. Los testimonios llevaron luego a la captura de Miguel Angel Sereno, vinculado a la compra y venta de predios, que según el Consejo de Estado fueron adjudicados irregularmente por el Incora, como el presunto autor de los disparos.
Por las amenazas, el expediente y Sereno fueron remitidos a la Fiscalía General de la Nación en Bogotá. Poco después el retenido fue llevado de nuevo a la cárcel de Santa Marta pero recuperó la libertad, que solo le duró dos días. El hombre, ex cabo del Resguardo de Rentas y escolta del supuesto autor intelectual del crimen de Villa, fue asesinado en oscuras circunstancias.
Fernández Vargas está llamado a juicio por el homicidio del ex senador. Pero allegados de la víctima opinan que no se ha procesado al verdadero responsable, contra quien cursan hoy dos investigaciones por fraude procesal en la Fiscalía General de la Nación, y que había sido absuelto del crimen de un ganadero en pleno centro de Valledupar, en 1981.
El nombre del presunto autor intelectual de la muerte de Villa es mencionado también por José Ignacio Nacho Vives, quien públicamente denunció amenazas contra su hijo Juan Carlos, ex representante a la Cámara. Lo llamé por teléfono y le dije -señala la denuncia de Nacho Vives ante la Fiscalía- que a mi hijo no le iba a pasar lo que impunemente le sucedió al ex senador Villa Salcedo, después de haber publicado en El Informador unos escritos por invasión de terrenos de Pozos Colorados.
A su muerte siguió otro misterioso asesinato, el de Miguel Angel Sereno Díaz, que estaba vinculado como testigo excepcional al caso del doctor Villa . Las amenazas contra los Vives no se debían, en este caso, a litigios de tierras, sino a una diferencia política.