Tres artículos del proyecto original fueron eliminados por un acuerdo entre las bancadas: los relacionados con el control a los medicamentos por las entidades territoriales y el manejo de los recursos de la creada Comisión de Regulación en Salud.
La Cámara dejó en firme artículos polémicos como el aumento de 0,5 puntos en los aportes a la salud que deberán pagar los empresarios con el fin de financiar parte de la ampliación de la cobertura del régimen subsidiado de salud. No obstante, una variación de los ponentes (aumento hasta 0,5 puntos) incrementó el rechazo de los voceros del Partido Liberal y del Polo Democrático Alternativo, que se habían opuesto a esa fuente de financiación.
Sin embargo, Eduardo Benítez, ponente en la Cámara, explicó que el ministro de la Protección Social, Diego Palacio, había dicho que no había otra fuente generadora de recursos para suplir esos 0,5 puntos.
En firme también quedó el cuestionado artículo que obliga a las entidades estatales (nacionales, departamentales, municipales y distritales) a afiliar a sus trabajadores a la Administradora de Riesgos Profesionales del Seguro Social.
Uno de los puntos más difíciles de aprobar fue el de la integración vertical de IPS y EPS que quedó en el 30 por ciento. Así, las EPS no pueden gastar más de ese porcentaje con sus propias IPS.
El Partido Liberal se había plantado en el 30 por ciento, la bancada del Polo Democrático Alternativo no quería ninguna integración. Pero finalmente un acuerdo entre liberales y uribistas le dio la puntada final a este artículo.