Luego de encontrar que no existían pruebas que confirmaran la supuesta orden dada por el ministro de Defensa, Luis Carlos Villegas, y la cúpula del Ejército, para que la Fuerza Pública se retirara del corregimiento de Conejo (La Guajira) el 18 de febrero, cuando las Farc estuvieron allí haciendo pedagogía sobre el proceso de paz, la Procuraduría archivó la investigación.
En el pliego de cargos que presentó el Ministerio Público en julio pasado decía que su propósito era clarificar si hubo un despeje territorial por parte de la Fuerza Pública en Conejo para facilitar la presencia de los guerrilleros, lo que habría dejado , en su concepto, a la población civil sin la seguridad que por orden constitucional se le debe brindar, y más, si se toma como base que los subversivos hicieron presencia estando armados.
Según la Procuraduría no "no existió falta disciplinaria" pues el mismo Gobierno Nacional canceló la visita de las Farc y le dijo a esa guerrilla que debían salir del corregimiento y regresar a La Habana. Esto prueba que "sí tomó decisiones al respecto".
Sobre la investigación contra el ministro Villegas, la Procuraduría advirtió que tuvo en cuenta los argumentos de la defensa y que el titular de la cartera de Defensa "tan pronto supo de la irregular situación" se puso en contacto con el Presidente y el equipo negociador y que se "tomaron medidas que fueron públicamente comunicadas".
Desde ese momento, las visitas de las Farc a diferentes corregimientos fueron supervisadas por el Gobierno. En ella solo participaban miembros de las Farc como parte de la pedagogía sobre los acuerdos de paz, pero en ningún momento hubo contacto con población civil.
También estaban siendo investigados por los mismos hechos el comandante general de las Fuerzas Militares, general Juan Pablo Rodríguez Barragán; el comandante general del Ejército Nacional de Colombia, general Alberto José Mejía Forero; el comandante de la Primera División del Ejército Nacional, brigadier general Jorge Enrique Navarrete Jadet; y el comandante de la Décima Brigada Blindada del Ejército Nacional, brigadier general Pablo Alfonso Bonilla Vásquez.
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