El oficial ejercía el mando de la Brigada Trece del Ejército en el momento en que un comando del grupo guderrillero M-19 tomó por asalto el Palacio de Justicia y mantuvo como rehenes a los magistrados que ellí se encontraban.
 
A juicio de la Fiscalía, existen suficientes elementos para suponer la presunta participación del oficial en la desparición de 11 personas que se encontraban en la cafetería del Palacio en el momento de los hechos.
 
La orden de detención del general Arias Cabrales se produjo al ser resuelta su situación jurídica por parte de un fiscal adscrito a la Unidad de Derechos Humanos de la Fiscalía.

Para la época de los hechos del Palacio de Justicia, el general Jesús Armando Árias Cabrales se desempeñaba como comandante de la brigada 13 del Ejército.

El 26 de julio pasado, el juez tercero especializado fue el que llamó a declarar al general Árias, así como al general Rafael Samudio Molino, para entonces comandante del Ejército, y al propio ex presidente Belisario Betancurt por la retoma al palacio asaltado por el M-19.

Arias Cabrales fue destituido por esos hechos en 1990.