En una nota diplomática, la Cancillería rechazó la versión del ministro de Gobierno ecuatoriano, Fernando Bustamante, según la cual hubo al menos tres ejecuciones extrajudiciales en el ataque.

El Gobierno y las Fuerzas Armadas de Colombia "honran el Derecho Internacional Humanitario y los Tratados Internacionales vigentes", decía la nota leída a los medios por el canciller Fernando Araújo.

Para la Cancillería resulta irregular que luego de más de dos meses de ocurrido el ataque colombiano al campamento que 'Reyes' tenía de manera clandestina en Ecuador, las autoridades de ese país anuncien el resultado de "necropsias que técnica y científicamente se realizan en un tiempo mucho menor". El ministro Bustamante había dicho que tres de las víctimas del bombardeo habrían sido "rematadas con disparos por la espalda" y sembró dudas sobre la posibilidad de que el ecuatoriano Franklin Aisalla, muerto en la incursión, hubiera caído en el campamento. "Él recibió una serie de golpes con un objeto contundente en la nuca y el cráneo (...), los golpes fueron hechos de forma descendente (...), el ecuatoriano probablemente estuvo arrodillado cuando recibió los golpes", afirmó Bustamante, citando un informe elaborado por expertos ecuatorianos y franceses. El Ministro de Gobierno de ese país dijo que no se conoce si Aisalla murió en el campamento o en Bogotá, a donde fue llevado luego del ataque con el cuerpo de 'Raúl Reyes'.La nota diplomática colombiana afirma que dichas afirmaciones son falaces. Anexa un "informe pericial de necroscopia" del Instituto Nacional de Medicina Legal en el que se registran las condiciones de la muerte del ciudadano ecuatoriano, "estableciendo como causa de muerte lesiones por elementos explosivos y penetrantes que comprometieron severamente el cráneo y las estructuras encefálicas y vísceras toracoabdominales, esto descarta lo informado por las autoridades ecuatorianas".